Les eaux stockés dans les roches terrestres (les aquifères) sont peuplées de bactéries qui pourraient, du fait des très grands volumes d’eau, représenter une proportion importante des bactéries de l’environnement. En l’absence de lumière, cet écosystème méconnu tire son énergie de l’oxydation des roches environnantes. Des études récentes ont montré que des bactéries vivaient jusqu’à quelques centaines de mètres de profondeur mais les conditions limitant leur viabilité restent inconnues. Des expériences ayant pour objectifs d’étudier ces communautés bactériennes sont avant tout le fruit d’un important travail de développement technique.